Управление МБОУ «Основная общеобразовательная школа №12» осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации, иными нормативными правовыми актами и Уставом на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Директор — единоличный исполнительный орган Учреждения, который осуществляет текущее руководство деятельностью учреждения.
Совет Учреждения — коллегиальный орган, наделённый полномочиями по осуществлению управленческих функций в соответствии с Уставом;
Общее собрание работников Учреждения — орган управления школы, который осуществляет полномочия трудового коллектива;
Педагогический Совет Учреждения — постоянно действующий коллегиальный орган управления, который создается для рассмотрения основных вопросов образовательной деятельности.
Деятельность коллегиальных органов управления МБОУ «Основная общеобразовательная школа №12» регламентируется Уставом общеобразовательной организации.
Структурные подразделения: МБОУ «Основная общеобразовательная школа №12» не имеет структурных подразделений.
Представительства и филиалы: МБОУ «Основная общеобразовательная школа №12» не имеет представительств и филиалов.